だいぶ読みやすくなってきていますね!記事の長さもちょうど良いと思います。
数式を書くテクニックですが、(3)式の3行目の括弧は、 & = (\frac{dy(x)}{dx}+py(x))e^{\int p dx} \tag{3} から、 & = \left( \frac{dy(x)}{dx}+py(x) \right) e^{\int p dx} \tag{3} というふうにすると、括弧の対応関係が見やすくなります。