「量が湧き出す小箱?」セクションの絵なのですが,一気に x, y, z について描くよりも別けて書いた方が分かりやすいと思い,勝手に分割してみました.
まず箱の説明をして
つぎに x 軸方向の説明を入れてはどうでしょうか.
「実際にはあと対向する二組の面があるから,」という部分に,y, z についての図を入れると良いと思います(でもまだできていていませんmm).