rst2hooktailで透過処理された数式のPING画像は,firefoxでは背景が透過されています.しかしIEでみた場合,透過処理されずに背景が白色のまま残ってしまいます.これはIEが8ビットの透過PINGまでしかサポートしていないのが原因と思われます.未確認ですが,convert コマンドに -depth 8 オプションをつけると8ビットPNGにるんではないかと思います.