rst2hooktailのHTML版では $...$ も <tex>...</tex> も align 環境として処理される.しかし,kagiPDFでは全体を一つのLaTeX文書として処理するので $...$ はあくまでインライン数式.なので,$...$ が複数行になる場合(HTML版では可能)には今のところ対処できない.これでは表組みなどの場合に不便なので $...$ 中に \\ や & がある場合は,kagiPDFの中間ファイルにおいて強制的に align 環境に移行する(すればHTML版の出力と同じになるはず).